En las últimas décadas se ha intentado posicionar incansablemente a diversos patógenos, antes entendidos como meramente infecciosos, como potencial origen o como cofactores en la etiología multifactorial de procesos tumorales o autoinmunes. Los microsporidios y Acanthamoeba son parásitos emergentes que presentan una amplia distribución en el medio ambiente y una elevada prevalencia a nivel mundial. La hipótesis de la posible implicación de los microsporidios en el proceso del cáncer de colon (CC) se apoya en ciertos antecedentes in vitro que señalan que estos parásitos podrían promover un ambiente protumoral. Se realizó un estudio de detección de los microsporidios en biopsias de 87 pacientes con CC y su comparó con un grupo control revelándose la presencia de microsporidios en 36 pacientes (41%) con la patología frente a la ausencia de detección en el grupo control, por lo que la probabilidad de detectar el parásito en este tipo de tejido es más de veinte veces superior en los pacientes con la patología. En la segunda parte se intentó profundizar en el conocimiento de la etiología de la esclerosis múltiple (EM) y su posible relación con estos parásitos. La hipótesis se basa en el mimetismo molecular (MM) proceso en el que se produciría un reconocimiento cruzado entre los epítopos de un patógeno extraño (parásito) y los propios debido a su similitud molecular o estructural. Se llevaron a cabo estudios in silico en los que se detectó que la proteína básica de mielina (MBP) presentaba alto grado de homología (superior al 10%) con el péptido NAD de Acanthamoeba y con la Actina de los microsporidios. A continuación, se estudió mediante Microarray de proteínas el tipo de respuesta inmunológica que se produce en pacientes con EM destacando sobreexpresión de citoquinas como IL-6 y GP-130 relacionadas con respuesta Th17 y procesos neuroinflamatorios. Finalmente, a partir de 97 sueros de pacientes con EM se realizaron estudios de seroprevalencia frente a los parásitos detectándose una seroprevalencia muy elevada (superior al 75%) con respecto a un grupo control. Finalmente, se agruparon los sueros de estudio en diferentes patrones de inmunorreconocimiento y se identificaron mediante estudios de proteómica 12 y 7 péptidos procedentes de Acanthamoeba y E. cuniculi respectivamente, que eran reconocidos por los anticuerpos de la mayoría de los pacientes de EM y que además presentaron un elevado grado de homología con la MBP. Estos péptidos podrían relacionarse con el MM y, además, podrían ser potenciales biomarcadores para llevar a cabo un diagnóstico precoz de la patología.